高端保健酒对基酒的选择除要严格按照国家相关标准外，还应注重传统的质量标准，应准确把握好基酒的种类、浓度和用量，如酒的浓度过低，则容易使更多的苦味、大分子杂质溶出，影响口感，过高又影响某些水溶性有效成分的溶出，因此要根据实际要求选择合适的浓度。保健基酒种类较多，有白酒、黄酒、果酒等，除根据药材成分选择适当酒度的基酒，还应根据保健酒不同功能选择适当基酒，作为长期饮用的高端保健酒，可选择酒度相对较低的基酒。

市场的需求也是选择基酒的重要依据，产品要与消费者的社会文化、消费习惯、价值观念等相符。例如，我国广东地区的消费者喜欢饮用度数较低的酒，而北方大多数消费者喜欢饮用高度酒，总的来说，我国酒市场的趋势是低度化、营养化、大众化；使用混合酒作为基酒，亦可提高高端保健酒的品质，可按一定比例组成各种香型的白酒作为基酒，使其酒香独特、醇厚，还有用白酒、黄酒、葡萄酒等蒸馏酒和酿制酒调配而成的各种不同风味的基酒，如白酒和黄酒配伍的基酒制成药酒，可使酒体丰满，对腥味、异杂味都有降低甚至去除的作用。